行为医学教育研究所旨在以研究为导向，依托济宁医学院、山东省行为医学重点实验室和研究所自身的基础研究力量，协同创新，逐步建成基础研究、临床应用研究和应用开发研究一体化的高水平教研平台。行为医学是济宁医学院重点发展的优势学科，行为医学教育研究所是济宁医学院重点建设教研院所，1992年《中华行为医学与脑科学杂志》创刊，自2005年起为中华医学会行为医学分会主任委员挂靠单位，2002年起为山东省医学会行为医学分会主任委员挂靠单位。经过多年的规划建设，目前行为医学教育研究所已发展成为集科研、教学、期刊采编为一体的高水平教研平台。